El vigente monarca, Tiburones Rojos de Veracruz se ubicó en el Grupo Siete donde se medirá a Santos Laguna y Juárez. América salió airoso en el sorteo ya que en el sector Cinco chocará contra dos clubes de la "Liga de Plata", Mineros de Zacatecas y Venados.
Misma suerte vivió Cruz Azul, que en el escuadrón Tres se medirá a los equipos de categoría inferior Leones Negros de la Universidad de Guadalajara y Coras FC.
Por su lado, Chivas de Guadalajara en el pelotón Dos jugará ante Cafetaleros de Tapachula y Jaguares de Chiapas.
Los 24 clubes fueron ubicados en ocho grupos de tres equipos, donde el primer lugar pasará a octavos de final y a partir de esta fase los emparejamientos serán a duelo único.
El recién ascendido a Liga MX, Necaxa, así como los nuevos conjuntos del Ascenso MX, Loros Colima, Potros UAEM y Tampico Madero no participarán en esta edición copera.
Tampoco estarán presentes los clubes de Primera División, Pumas de la UNAM, Tigres UANL, Monterrey y Pachuca, que jugarán la Liga de Campeones de Concacaf 2016-2017 y Atlas por ser último de la fase regular del torneo anterior.
A continuación los grupos de la Copa MX del Torneo Apertura 2016:
-Grupo Uno
León, Atlante y Celaya.
-Grupo Dos
Chivas de Guadalajara, Tapachula y Jaguares de Chiapas.
-Grupo Tres
Cruz Azul, Leones Negros y Coras FC.
-Grupo Cuatro
Monarcas Morelia, Alebrijes de Oaxaca y Murciélagos.
-Grupo Cinco
América, Mineros de Zacatecas y Venados FC.
-Grupo Seis
Toluca, Xolos de Tijuana y Lobos BUAP.
-Grupo Siete
Veracruz, Santos Laguna y Juárez FC.
-Grupo Ocho
Gallos Blancos de Querétaro, Puebla y Dorados de Sinaloa.
